也有例外，申時行擔任首輔後，他非常清楚皇帝的訴求，很合理的擺正了自己的位置，已經是為數不多的首輔，到了明朝晚期，各黨紛紛競爭起來，爭得不可開交。特別是崇禎登基以後，內閣竟然成為一個無關緊要的部門，內閣成員就是負責處理皇帝文書而已，隨著崇禎軍務繁忙，內閣更像是一個分工整理軍務文件的部門。
明代內閣制度是衍生於科舉制度下的附屬模式，是一種明代為了加強中央集權並得到統治一種政治制度。內閣制度的產生與發展相較於早期的科舉制度有著較大差別，其更像是一種職位的晉升制度，是一種政府從基層選舉出自然人，並將權利盡最大可能進行集中化的方式。
內閣制度方便明代從上到下進行系統化管理，錦衣衛、東西廠的發展都是明代內閣制度下的產物。總之，內閣制度不僅僅是將皇權進行了中央集權化管理，更是將明代的分權制度表現了出來。內閣在發展過程中，受到錦衣衛和東西廠的排擠不在少數。在錦衣衛發展早期，是內閣一手將錦衣衛的權利推向巔峰，錦衣衛發展成熟之後，抓捕了大量內閣人員，以此來抑制內閣的權利。
錦衣衛與東西廠有著先斬後奏的權利，內閣的發展阻礙了錦衣衛與東西廠的切身利益，所以在內部機構發展過程中，為了最大程度地限制內閣的發展，錦衣衛等內部機構運用恐嚇、利誘等手段，瓦解了內閣大多數人員，二者在後期的關係也到達了水深火熱的地步，直至最後雙雙滅亡。
錦衣衛分為南北鎮撫司，簡稱為南司北鎮，南鎮撫司是為錦衣衛內部的監察機構，主管錦衣衛內部的紀律法度，核查人員功過等，而北鎮撫司則是錦衣衛的真正執行機構，詔獄便是隸屬於北鎮撫司，錦衣衛的審訊、緝拿、行刑甚至是處決等全部由北鎮撫司負責。
錦衣衛的長官為指揮使，是為正三品，副長官為指揮同知，是為從三品，其下還有指揮僉事，是為正四品，鎮撫使從四品，緊接著便是分別屬於正五品、從五品的千戶與副千戶，以及屬於正六品與從六品的百戶與試百戶，最後是正七品與從七品的總旗與小旗。
東廠，又叫做東輯事廠，明成祖朱棣永樂十八年設置，這是宦官集團的對外辦事機構，可以稱之為監察機關、特務機構，其長官為東昌提督，由皇帝的親信宦官擔任，如果說錦衣衛是負責監視朝廷百官的權勢滔天的存在，那麼東廠就是監視朝廷百官的同時，又監督錦衣衛的存在。
因錦衣衛是外臣，向皇帝陳事的時候，需要上書啟奏走流程，可是東廠是內臣，又有監督錦衣衛之權，所以從明朝中後期後，很長一段時間內，東廠不管是地位還是權力，都實際凌駕於錦衣衛之上，也許僅有嘉靖朝錦衣衛例外。
更有甚者，錦衣衛的指揮使見到東廠的廠公，要行跪拜之禮，所以很大程度上，東廠是實際高於錦衣衛的，而二者也被合稱為廠衛。