第331章 申请授课!(1 / 3)

 都市腦洞 / 都市 2419 字 2023-10-19

宋河順手開了一個新程序,按伊雷馬實驗室數據,同步復現藥物預測流程。

別人做的成果,他不敢全盤接收,還是親自上手驗證一下穩妥!

首先是經典的DDIs預測,即藥物-藥物相互作用,探討病人短時間服用多種藥物後,產生的複合效應。

當初在京海大學實驗室,呂承恩講過中藥預測五原則,相反為制、相畏為制、相喜為制、相資為制、相惡為制,也是藥物和藥物相互作用的原理,只不過現代的DDIs預測深入到分子層面了。

之前宋河看相關論文時,見過基於圖卷積神經網絡的DDIs預測,以及基於平衡理論的預測。

前者太片面,只考慮鄰接矩陣元素。而後者則太絕對,總結起來就是“朋友的朋友是朋友”、“朋友的朋友是敵人”,但實際的藥物研發中,關係遠比平衡理論要錯綜複雜。

電腦屏幕上,伊雷馬實驗室居然兩種方法都棄之不用,赫然使用了新方法進行DDIs預測!

宋河研讀許久,基本明白了思路……大數據庫推導!

伊雷馬實驗室嘗試將海量化合物進行拓展,梳理出親戚關係,畫出一個壯觀的樹狀圖,每個枝丫都連接一種相似的化合物。

之後,再通過已經確定的化合物藥用特性,大膽猜測未知化合物的藥效。

這感覺好比,知道丈夫是生物學家,知道妻子是短跑運動員,於是便猜測這對夫妻將來的孫子能夠……一邊短跑衝刺一邊手拿顯微鏡觀察細菌……

本質上還是瞎猜藥物,但在瞎猜中多了一絲絲牽強附會的推理。

“好難!”宋河吐槽。

他在帖子裡尋找伊雷馬實驗室用的大數據庫。

找了半天……沒找到?

“怪不得呢!原來公佈的只是邊緣數據,最核心的沒公佈啊!”宋河搖頭失笑。

沒辦法,他只得嘗試自己蒐集數據庫。

他先在網上尋找,用過相似工作方式的科研團隊。

花了許久,總共找到兩個。

一個是千度公司合作的研發團隊,通過大量食管癌病人的數據,尋找到22個顯著突變基因,隨後預測關聯出可行的藥物信息。

一個是MSK癌症中心,開發了一個體細胞突變相關的知識庫,收錄了大量靶向藥。

“都是做癌症的數據庫,用不上啊!”宋河撓頭。

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