戰力依然很強，將領李鶴章也不是無能之輩。
曾國藩整合軍隊後就開始對捻軍發起進攻。
由於他們機動性不足，只能對捻軍進行包圍，圍攻。
採取重點設防、以靜制動的方略，變單純尾追為迎頭截擊與跟蹤追擊相結合。
賴文光、張宗禹率捻軍時分時合，在清軍圈定的重點防區安徽、河南、山東、等地往返穿插，流動遊擊。
1866年五月份曾國藩又改取用“聚兵防河”的方針。
九月的時候捻軍在河南開封蘆花岡，擊潰豫軍，突破其沙河、賈魯河防線，突入山東境內。
捻軍在山東搶渡運河未成，隨即折回河南。
由於清軍的“圍剿”，捻軍長期處於流動遊擊之中，沒有立腳的基地，得不到友軍的配合、支援，戰略上極其被動。
賴文光深感“獨力難持，孤軍難立”，為了擺脫清軍的圍攻，遂於1866年10月在河南分兵。
張宗禹率一部進軍陝西，聯絡回民起義軍，為西捻軍。
賴文光率一部在中原堅持鬥爭，為東捻軍。
……
曾國藩在這兩年先後提出了重點設防四省十三府的戰略方針，其計劃是“變尾追之局”“練有定之兵，制無定之賊”，確定了剿捻的重點設防戰略。
然而在實施過程中，慈禧派的監工不給力，各府官員也不嚴格按照曾國藩的命令執行。
比如捻軍來了我的地盤，我就打，去了他的地盤我不管，你曾國藩說了要圍剿，我也不懂。
就這樣其制定的“重點防務、堅壁清野和畫河圈圍”最終全部失敗。
因此，曾國藩在剿滅捻軍的戰爭中表現平平，未能取得重大勝利，甚至在某些方面可以說是非常失敗的。
這次安德海只是將曾國藩失敗的消息小聲告訴給了慈禧。
發生的事多了起來，他的膽子也大了起來。
慈禧知道後又召集了恭親王和慈安。
恭親王也早就知道了曾國藩屢次失敗的消息。
無奈只好提議讓李鴻章為新的欽差大臣督辦圍剿捻軍的任務。
慈禧對李鴻章還是挺感興趣的。
於是同意了。
曾國藩也就這樣被撤職。
李鴻章帶領自己的老部下再次出征剿匪。
走之前李經孝也給李鴻章說了很多他的看法。
李鴻章1866年11月開始上任。
此時李鴻章也重新擴軍兩萬，兵力達到了7萬多少。
秦海等人之前就通過關係進入了淮軍，李鴻章感覺秦海是個人才，還在國外讀過海軍。
自己身邊就是缺乏海軍人才於是提拔了秦海。
現在也只能當做陸軍用，李鴻章手上沒有海軍。
李經孝也提過好幾次讓李鴻章上書建造海軍，朝廷也在開始思考利弊。
主要是缺錢。
李鴻章上任後，將曾國藩的舊部也納為己用。
李鶴章帶領六千淮軍回到李鴻章身邊。
只是曾國荃帶著一部分人和曾國藩走了。
12月的時候賴文光率東捻軍3萬餘人，放棄進入山東運河東部地區的努力，經河南入湖北，準備佔領荊襄之地，相機入川。
在鍾祥羅家集、安陸楊家河連獲兩捷，殲當地清軍近千人。