最新開發的三號機在啟動實驗之中被使徒侵蝕，成為了第十三使徒，霞天使的身體。
駕駛員正是真嗣的同學，鈴原冬二，也就是當初真嗣轉學揍了真嗣的黑髮小子，還真的如同極當初所說的一般，他成為了EVA三號機的適格者。
由於三號機被侵蝕，鈴原冬二雖然還有呼吸和心跳，但是卻失去了意識，切斷活動信號，強制彈出插入栓全都沒有用。（老版是冬二，新版是明日香，這裡採用老版。）
“從現在開始，拋棄EVA三號機，將其認定為第13使徒，按計劃在野邊山進行作戰，摧毀目標。”碇源堂非常果斷的下達了命令。
“目標出現，所有機體準備進行地面戰！”清晰的話語聲通過聯絡設備傳入真嗣的耳中。
而真嗣，也看到了第十三使徒的模樣。
“使徒？這是使徒嗎？”真嗣再度確認了一下。
“是的，這就是敵人。”他的父親碇源堂果斷的給了他回答。
“什麼敵人啊，這不是EVA嗎？”
二號機扛著巨大的炮筒靠在一座的山的邊上，明日香也看見了所謂“使徒”的樣子，“怎麼會？竟然被使徒侵蝕了？？”
好似除了真嗣以外，所有人都知道三號機裡面的駕駛者是誰。
明日香在沒有完全與真嗣說出真相之時被三號機攻擊，斷開了連接，可謂是一瞬間就癱瘓了二號機，這讓真嗣十分著急。
“綾，避免近距離作戰，阻止目標前進，交給初號機....”碇源堂是一個十分合格的指揮者，他的頭腦十分清晰。
綾波麗剛回復了“瞭解”沒多會，她所駕駛的零號機已經被三號機壓在身下。
三號機開始其實零號機的左臂，如果一直這麼下去的話，零號機也會被完全操控，駕駛艙內，由於神經連接的關係，綾波麗感受到了左臂巨大的痛苦。
“切掉左臂！”碇源堂的反光眼鏡內一片冷漠。
“可是，不切除神經連接系統的話.....”
“切掉！快！”
“是。”
轟~~~
零號機的左臂分離，綾波麗感受到了斷臂之痛，差點昏死過去。
三號機在靠近，而駕駛初號機的真嗣咬著牙，還在糾結那三號機裡面有一個人類的事情！